Theo đó, Thông tư liên tịch số 13/2014/TTLT-BYT-BNNPTNT-BCT quy định việc phân công, quản lý Nhà nước về an toàn thực phẩm đảm bảo nguyên tắc 01 sản phẩm, 01 cơ sở sản xuất, kinh doanh chỉ chịu sự quản lý của 01 cơ quan Nhà nước. Trường hợp cơ sở sản xuất nhiều loại thực phẩm thuộc thẩm quyền quản lý của từ 02 Bộ trở lên, trong đó có sản phẩm thực phẩm thuộc thẩm quyền quản lý của Bộ Y tế thì Bộ Y tế chịu trách nhiệm quản lý.

Đối với cơ sở sản xuất nhiều loại sản phẩm thực phẩm thuộc thẩm quyền quản lý của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và Bộ Công Thương thì Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chịu trách nhiệm quản lý; cơ sở kinh doanh nhiều loại sản phẩm thực phẩm thuộc thẩm quyền quản lý của từ 2 Bộ trở lên (bao gồm cả chợ và siêu thị) thì

Bộ Công Thương chịu trách nhiệm quản lý trừ chợ đầu mối. Đối với hoạt động đấu giá nông sản do Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quản lý.

Cũng theo Thông tư này, Bộ Y tế có trách nhiệm quản lý các cơ sở sản xuất, kinh doanh dụng cụ, vật liệu bao gói chứa đựng thực phẩm trừ những loại dụng cụ, vật liệu bao gói chuyên dụng gắn liền và chỉ được sử dụng cho các sản phẩm thực phẩm thuộc thẩm quyền quản lý của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và Bộ Công Thương.

Đồng thời, chủ động chủ trì tổ chức, thực hiện việc thanh tra, kiểm tra ATTP theo phạm vi quản lý được phân công quy định tại Luật an toàn thực phẩm, Nghị định số 38/2012/NĐ-CP ngày 25 tháng 04 năm 2012. Các Bộ liên quan có trách nhiệm tham gia phối hợp công tác thanh tra, kiểm tra ATTP theo đề nghị của cơ quan chủ trì thực hiện hoặc theo yêu cầu của cấp có thẩm quyền. Hoạt động thanh tra, kiểm tra phải bảo đảm không chồng chéo giữa các ngành, các cấp, bảo đảm hoạt động thanh tra, kiểm tra thống nhất từ Trung ương đến địa phương.

Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 26 tháng 05 năm 2014.